До 1542 года губернаторство напрямую подчинялось Королевскому совету и военному комитету по делам Индий,[37] а затем перешло в подчинение новосозданного вице-королевства Перу, которое со временем взяло под свой контроль всю испанскую Южную Америку. Указом короля Филиппа III от 16 декабря 1617 года из провинции Рио-де-ла-Плата была выделена провинция Парагвай. Этого требовали реалии – население провинции росло, различия между разными областями прорисовывались все отчетливее и отчетливее, и управлять большой территорией из одного центра стало сложно