Президент Туркменистана был единственным среднеазиатским лидером, отказавшимся участвовать во встрече, — Туркменистан не является участником договора о коллективной безопасности стран СНГ. Однако 14 октября, в день встречи с делегацией находящегося в изгнании правительства Раббани, тогдашний премьер-министр России Виктор Черномырдин встретился с туркменским президентом Ниязовым. После встречи Ниязов заявил, что Туркменистан намерен координировать с Москвой свои действия, касающиеся кризиса в Афганистане. «Мы не полностью согласны с результатами саммита в Алматы, — добавил он. — Мы считаем, что конфликт в Афганистане — внутреннее дело самих афганцев». В то же время, отметил Ниязов, следует быть «терпимым» к различным точкам зрения стран СНГ. Он сказал, что Туркменистан поддерживает добрососедские отношения со всем афганским народом, включая «Талибан», и не станет вмешиваться в афганские внутренние дела.