Не исключено, что боль вызывает рубцовая ткань или невромы – небольшие кластеры или скопления нервных клеток в культе. Раздражение этих скоплений и поврежденных нервных окончаний может быть истолковано мозгом как боль в отсутствующей конечности. Однако, если неврому удалить хирургическим путем, фантомная боль иногда исчезает, но затем коварно возвращается вновь.