После Софьиного унижения исход из Москвы стал массовым. Бояре, дворяне и стрельцы спешили явиться к царице Наталье и Петру, остановить их было невозможно.
Последний удар по гибнущему режиму нанес заслуженный и уважаемый Гордон, командир войск иноземного строя. Получив приказ царя Петра передислоцироваться в Троицу, Гордон ушел не втихомолку, как другие, а открыто, походной колонной и с развернутым знаменем. Это произошло 5 сентября, а уже назавтра остававшиеся в Москве стрельцы явились в Кремль, чтобы схватить Шакловитого и тем самым заслужить у новой власти себе прощение. Софья храбро пыталась защитить своего соратника, но не смогла.
Василий Голицын отсиживался в своей подмосковной вотчине, но, узнав, что Шакловитый схвачен, поспешил явиться к Троице добровольно.
Царевна осталась в Кремле одна, всеми брошенная, ждать своей участи.