По моему опыту, наиболее часто проблемы координации больших проектов встречаются в следующем порядке:
• Требования (наиболее часто).
• Архитектура (системы с интенсивным проектированием).
• Управление конфигурацией/версиями.
• Тестирование и контроль качества.
• Управление проектами.
• Процесс.