В период «великих реформ», при Александре II, меняются функции отдельных экспедиций III Отделения. Но в целом оно оказалось плохо приспособлено к противодействию революционным народникам. Сказывались малая численность, нечеткость управления, отсутствие реального контроля. К августу 1880 года III Отделение насчитывало всего 72 чиновника. Но главное заключалось в другом. В своем проекте «Об устройстве высшей полиции» А. Х. Бенкендорф обещал, что результатом осуществления его предложений станет появление «бдительной полиции, охраняющей спокойствие общества и предупреждающей беспорядки и преступления». Через несколько десятков лет оказалось, что III Отделение породило страх, враждебность значительной части общества при одновременном неумении ответить на вызовы времени и ликвидировать или хотя бы резко ограничить оппозиционные политические силы