Для описания последовательности действий при выполнении каких-то работ оптимально подойдет IDEF3 или BPMN.

Для функционального моделирования я рекомендую IDEF0, он был создан именно для функционального подхода к бизнесу, а потому здесь вы найдете те самые «черные ящики», но детализировать процессы в этой среде крайне сложно, да и нет в этом необходимости.