Несмотря на такую высокую распространенность, случаи рождения детей с врожденным токсоплазмозом составляют приблизительно 1 на 10 000 новорожденных (кроме отдельных регионов, где его частота может достигать 200–300 случаев на 10 000 новорожденных). Врожденный токсоплазмоз встречается только в случаях первичного инфицирования, то есть при заражении во время беременности, обычно на ранних сроках.