По окончании Кембриджа Дарвин услышал, что вскоре в кругосветную научную экспедицию отправится корабль «Бигль». Он подал заявку и был принят на неоплачиваемую должность натуралиста (в действительности ему даже пришлось оплатить дорогу). Корабль вышел в море в декабре 1831 г. Молодой человек страдал от морской болезни, пока шли через Атлантику, и когда «Бигль» достиг побережья Бразилии, он был рад оказаться в тропическом девственном лесу. Обогнув южную оконечность Южной Америки, «Бигль» держал курс на север и к 1835 г. достиг далеких Галапагосских островов у побережья Эквадора. Здесь, на маленьких островах, обнаружились невероятные виды животных, которые больше нигде не водились: например, морские игуаны, нелетающие бакланы, гигантские черепахи и даже пингвины, обитающие вдалеке от Антарктики. Дарвин заметил, что особи разных видов животных, например черепах, обитавшие на разных островах, отличались по таким признакам, как форма панциря. Молодой натуралист также видел птиц с клювами разной формы. Этот опыт дал ему пищу для размышлений, пока «Бигль» продолжал путь.