В своем завещании, которое испанская королевская семья неукоснительно выполняет по сей день, Филипп II наказал всем последующим испанским королям один месяц в году проводить в Эскориале.

Королевская усыпальница, хранящая останки почти всех королей Испании, начиная с Карла V, расположена на глубине двенадцати метров. Здесь не были погребены только Филипп V, который не захотел лежать с «этими Габсбургами», и Фердинанд VI.