Второй филиал был открыт в Ташкенте в 1980 г. как ответ на исламскую революцию 1979 г. в Иране и события в Афганистане. Наконец, третий филиал — в Вильнюсе, столице Литовской ССР — был создан в 1983 г. для решения проблемы растущего влияния католической церкви на страны социалистического блока и, в частности, в ответ на ту роль, которую сыграл во время своего визита в Польшу 1979 г. папа Иоанн Павел II в мобилизации польского движения «Солидарность» (практически парализовавшего деятельность Польской объединенной рабочей партии в 1980–1981 гг.). До конца советского периода филиалы Института научного атеизма выполняли функцию «мозговых центров» партии, разрабатывая доклады и предложения, определявшие подход ЦК КПСС к новому формату присутствия религии в публичном пространстве [896].