В отличие от Муравьева Пестель – сторонник единого русского централизованного государства. Федерацию он отвергал как возрождение «удельной системы». Особенно пагубной и вредной он считал федерацию в России, где много «племен», языков и вер. В будущей России, полагал Пестель, все они обрусеют: «Все различные племена, составляющие Российское государство, признаются русскими и, слагая различные свои названия, составляют один народ русский». Исключение составит Польша – Пестель был сторонником ее отделения от России (включая и присоединенные при Екатерине ii западнорусские земли), но при условии, что в Польше события будут развиваться по сходному с Россией сценарию (революция, уничтожение сословного строя и угнетения крестьян, установление республики, проведение либеральных реформ).
Для тех же народов, которые трудно было интегрировать в «единое и неделимое» российское государство, Пестель предусматривал переселение. Таковы были его планы в отношении горцев Кавказа и евреев. Кавказские народы предполагалось разделить на «мирных» и «буйных» – «первых оставить на их жилищах, дать им российское правление и устройство», а вторых «силою переселить во внутренность России, раздробив их малыми количествами по всем русским волостям», а на отнятых у них землях «завести русские селения… дабы сим способом изгладить на Кавказе даже все признаки прежних (то есть теперешних) его обитателей и обратить сей край в спокойную и благоустроенную область русскую».
Еще грандиознее было предполагаемое Пестелем решение еврейского вопроса. Отмечая, что «евреи составляют в государстве, так сказать, свое особенное, совсем отдельное государство», Пестель обдумывал план выселения евреев из пределов России. По его расчетам, «ежели все русские и польские евреи соберутся на одно место, то их будет свыше двух миллионов. Таковому числу людей, ищущих отечество, не трудно будет преодолеть все препоны, какия турки могут им противупоставить и, пройдя всю европейскую Турцию, перейти в азиятскую и там, заняв достаточныя места и земли, устроить отдельное еврейское государство».