Режиссер с самого начала соединяет двух своих героев во сне: Отрепьеву снится не то, о чем он рассказывает потом Пимену, но сон, в котором он блуждает с факелом по подземелью и видит Годунова, смывающего кровь с царевича, а позже — мертвое тело с лицом, прикрытым маской; он срывает маску, но в этот момент в ужасе просыпается, и мы видим лицо Григория по эту сторону сна.
Двойничество Годунова и Отрепьева проявляется и в композиционной симметрии фильма, которую режиссер подчеркивает замедленной съемкой: открывается фильм сценой убийства царевича Димитрия, а заканчивается — убийством детей Годунова. В обоих преступлениях явлено предательство: убийство царевича организовано с помощью его няньки, а убийцы детей Годунова, будто бы пришедшие приводить их к присяге, сначала целуют их.